Wenn Ansprüche aus dem ArbEG streitig durchgesetzt werden müssen, ist Zulässigkeitsvoraussetzung für eine Klage vor einem ordentlichen (Zivil-)Gericht, dass vorher ein Verfahren vor der bei dem Deutschen Patent- und Markenamt eingerichteten Schiedsstelle für Arbeitnehmererfinderangelegenheiten durchgeführt worden ist. Allerdings gibt es von diesem Grundsatz in der Praxis bedeutende Ausnahmen: (1) wenn in der Vergangenheit bereits eine Vergütungsvereinbarung zwischen Arbeitgeber und -nehmer geschlossen wurde und darüber nun erneut Streit zwischen den Parteien besteht oder (2) wenn der Arbeitnehmer aus dem Betrieb des Arbeitgebers zwischenzeitlich ausgeschieden ist.
In I. Instanz zuständig sind für Streitigkeiten aus dem Arbeitnehmererfindergesetz spezialisierte Zivilkammern bei bestimmten Landgerichten, die ihrerseits häufig landesweit zuständig sind. In Bayern liegt die Zuständigkeit beispielsweise beim Landgericht München I sowie beim Landgericht Nürnberg-Fürth, in Baden-Württemberg ist das Landgericht Mannheim und in Nordrhein-Westfalen das Landgericht Düsseldorf ausschließlich zuständig.